基本药物制度的实施，打破了以往药品供应模式，掐断了医药购销中的灰色利益链条，基层卫生院药价大幅度下降了46%，使“看病难、看病贵”问题得到有效缓解。但我们以为药品零差率销售制度这棵幼苗，要想长成参天大树，当下必须解决以下几个迫在眉捷的问题。
    一、基本药物品种偏少。继国家公布了307种基本药物之后，陕西省公告了658种中标药物（1034个序号）。各地乡镇卫生院通过历时将近8个多月的临床使用，发现其远远不能满足患者的用药需求。如治疗“小儿感冒”的常用药物“小儿宝泰康颗粒”，目录中没有；因为对西药“小儿氨酚黄那敏颗粒”过敏的患儿，常规需要使用中药制剂的“小儿宝泰康颗粒”等药物来治疗。这些患儿因病来到乡镇卫生院，经过医生一番检查，却在医院药房买不到原来很见效的药物。之后，只好拿着处方到外面去买。还有，基层卫生院历来常用且疗效被患者普遍认可的药物，如壮骨关节丸、洁尔阴洗液、祖师麻膏药、注射用双黄连等等，在基本药物目录中均没有。由于指定的企业招标配送的药品品种较少，剂型单一，加之群众既往形成的用药习惯难以改变等因素的影响，在基层造成了“两不满”现象：一方面，农村群众看病就医，想要想用的药买不到用不上；另一方面，大夫看病难，由于药品品种单一，一张处方需要几番调整，才能“配伍组方”。造成了医患双方均不满意现象，一度时期农村患者因在乡镇卫生院看病买不到自己想要常用的药品和院方发生挣执，医院工作压力大，群众对药品“三统”也颇有微词。
    二、目录药品规格虚多，造成药品品种少。基本药物目录中的药品规格较多。如编号1为青霉素针剂，规格为80万单位；编号2也为青霉素针剂，规格为160万单位。如此现象，在目录中比比皆是。过多的规格品种，虽为临床使用提供了选择机会，但是，同为青霉素针剂，却以两个编号、两个品种出现，这样，造成的结果是：“目录”让“外行”从数量上看是不少，但让医生难以下药、让群众买不到想要的药。
    三、目录药品剂型单一。比如，阿奇霉素是在患者对青霉素、头孢菌素等药物过敏时，常用的替换药物，也是治疗其他疾病的常用药。但目录中有阿奇霉素颗粒剂、阿奇霉素片剂，却无阿奇霉素粉针剂（注射液）。又如，目录中有清开灵片剂、颗粒剂、胶囊剂，却没有清开灵针剂。因为，临床上许多患者的病情需要静脉给药，假如无针剂，无疑就束缚了医生的手脚，影响治疗效果。而且，乡镇卫生院的病员基本上都是参加新农合的农民，乡镇卫生院的报销比例相对也高，因此，好多患者都想在乡镇卫生院就诊，既方便、费用又少。而现实是，由于目前乡镇卫生院缺药、少药，造成其能看的病却看不了；病人也就只能舍近求远，到县级或市级去看病，加重了患者负担。
    四、零差率补助不能及落实。各地县乡公立医疗机构，特别是山区贫困县的公立医疗机构受本级财政收入的限制（只保证了人头工资，有的人头工资都落实不了），此前，公立医疗机构就靠药品加价的15％产生的利润，来勉强维持日常办公开支和运转。而现在，基本药物实行了零差率销售，如果本级政府财政困难，国家不能给予补助，长此以往，公立医疗机构资金逐渐会出现短缺，要想让基本医疗保障制度全面覆盖城乡居民，尚有很大的阻力。